Le programme CanadaGAP a été mis sur pied par le Conseil canadien de l’horticulture (CCH), maintenant connu comme les Producteurs de fruits et légumes du Canada (PFLC). Un organisme sans but lucratif, CanAgPlus, a été créé en 2012 pour superviser et gérer le programme indépendamment de l’organisme national (CCH). Les exigences du Programme de salubrité des aliments pour les secteurs du remballage et du commerce en gros de l’Association canadienne de la distribution des fruits et légumes (ACDFL) ont été ajoutées au programme CanadaGAP en 2013.
À la fin des années 1990, les membres du CCH, une association nationale représentant les producteurs de fruits et légumes frais, ont créé un programme de salubrité des aliments à la ferme afin de répondre aux demandes du marché en prouvant la vigilance des fournisseurs de produits frais en matière de salubrité des aliments.
Ce programme est le résultat de nombreuses années de collaboration entre des représentants du secteur – dont des producteurs, des emballeurs, des remballeurs, des grossistes et leurs clients – et des experts techniques de partout au pays. L’industrie a consacré ses efforts à la conception d’un programme de salubrité des aliments efficace, pratique et exhaustif qui s’appuie sur la publication d’articles scientifiques évalués par les pairs.